Интерактивная оценка показателя передающейся устойчивости ВИЧ

Как помнит читатель, в отчете о резистентности содержится информация обо всех мутациях, обнаруженных в образце и ассоциированных с лекарственной устойчивостью. Тем не менее, простой подсчет мутаций для оценки показателя передающейся устойчивости не годится, поскольку среди мутаций, которые выявляются в геноме ВИЧ, могут быть как истинные мутации (то есть результат применения лекарств), так и полиморфные позиции генома, никакого отношения к резистентности не имеющие, являющиеся следствием естественного

мутационного процесса и чаще всего «привязанные» к подтипу.

Если учитывать в слежении полиморфные мутации, показатель передающейся устойчивости может быть сильно завышен. В специальных исследованиях показано, что между точностью оценки ПУВ и распространенностью полиморфизмов существует обратная связь: чем выше частота полиморфизма, тем ниже достоверность определения ПУВ. Например, в составе генетического варианта подтипа А, доминирующего в России, присутствуют замены V77I и A62V с частотой около 70% и 40%, соответственно; в случае включения их в список слежения частота ПУВ могла бы быть чрезвычайно высокой. Разбираться в каждом отдельном случае в происхождении мутаций не представляется возможным, поэтому по решению экспертов список мутаций, которые предназначены для слежения за передающейся устойчивостью ВИЧ, не включает те мутации, которые могут иметь двойную природу (Surveillance Drug Resistance Mutations, SDRMs).

Такой список является объектом очень внимательного обсуждения экспертами, пересматривается каждые два-три года, и любознательный читатель всегда может его найти на любимом сайте Стэндфордского университета под заголовком «Surveillance mutations»; в настоящее время используется список 2009 года (World Health Organization 2009 Mutation List), дополнение к нему издано в 2010 году, в ближайшее время будет готов список 2014. В отдельной посвященной этому публикации (http://www.plosone.org/ article/info:doi%2F10.1371 %2Fjournal. pone.0004724) подробно разъясняются принципы отбора мутаций и количественные критерии этого отбора. Кроме того, некоторые мутации, значимые для слежения, очень редко все-таки могут встречаться в роли полиморфизмов; в таблицах есть эти данные, поскольку бывают случаи, когда их нужно учитывать (например, применительно к CRF01_AE).

Производить учет мутаций про оценке ПУВвручную не приходится, потому что для этого на Стэнфордском сайте существует специальный on-line инструмент под названием Calibrated Population Resistance tool (CPR). Он обновляется на основе и по мере обновления списка SDRMs.

Войдя на страницу ввода данных, следует ввести нуклеотидные последовательности гена pol в формате fasta или в виде текстового файла в соответствующее окно; можно также выбрать файл, включающий все анализируемые последовательности, если он подготовлен заранее. Инструмент позволяет ввести одновременно до 500 последовательностей, но для того, чтобы это сделать, их нужно сначала объединить в едином файле, например, в Word'e, и потом весь текст поместить в окно для анализа.

Результат анализа появится в виде подробного отчета. В нем последовательно приводятся:

• описание введенных последовательностей, в том числе содержащих области RT, Pro и объединенную последовательность;

  • мутации из списка слежения (SDRMs) с указанием числа анализированных по отдельным классам препаратов (НИОТ, ННИОТ и ИП; возможность анализа мутаций к ингибиторам интегразы также есть, опция указана на предыдущей странице);
  • • собственно результат анализа суммарной распространенности мутаций (главный показатель) и по отдельным классам препаратов;
  • • перечень номеров последовательностей, в которых обнаружены мутации, и описание этих мутаций. Полученный результат можно сохранить в виде файла pdf или Excel и распечатать. Главный показатель - суммарная доля резистентных штаммов, содержащих мутации слежения, является искомым результатом, который используется для оценки распространенности передающейся устойчивости ВИЧ и который страны, участвующие в программах ВОЗ, ежегодно сообщают в HIVResNet.
 
Посмотреть оригинал
< Пред   СОДЕРЖАНИЕ   ОРИГИНАЛ   След >