Подсчет баллов генотипической чувствительности

Применение расчета показателя генотипической чувствительности (genotypic susceptibility score, GSS) имеет цель сугубо практическую и помогает реально оценить эффективность будущей схемы лечения. Этот показатель измеряется числом препаратов в схеме, чувствительность к которым подтверждена генотипированием, и складывается из суммы баллов каждого из препаратов, которые потенциально могут такую схему составить.

Самый простой способ подсчета (дискретный, dGSS) использует бинарный метод и заключается в следующем: препарату присваивают

1 балл, если ни одной мутации к нему не выявлено, и 0 - во всех остальных случаях; все новые препараты автоматически получают по одному баллу. Таким образом, для схемы из трех препаратов dGSS может быть только целым числом от 0 до 3.Такой подсчет никак не учитывает числа мутаций,

а главное - не берет в расчет тот факт, что вклад мутаций в снижение чувствительности в реальности совсем не одинаков, и некоторые из них снижают эффективность лечения лишь немного, в то время как другие способны практически свести ее на нет.

Исправить этот недостаток призваны другие методы расчетов, и хотя ни один из них пока еще не утвердился в окончательном варианте, читателю может быть полезно иметь о них представление. Общий принцип заключается в так называемом «взвешивании» мутаций, при этом каждая группа ученых вырабатывает для себя свой алгоритм подсчета «взвешенных» баллов(л/е1дМес1депо1урю5и5серйЫ1Ку score, wGSS). Так, простейший способ «взвешивания» предлагает умножать мутации, относящиеся к разным классам препаратов, на соответствующие им коэффициенты: для бустирован- ных ИП - 1,5, НИОТ - 0,5, ННИОТ - 1,0. Пример такого расчета приводится на рисунке, при этом лекарство всегда получает 0 баллов, если хотя бы одна мутация устойчивости к нему обнаружена. Такой метод до некоторой степени учитывает и соотношение генетических барьеров лекарств, входящих в схему.

Другой алгоритм «взвешивания» за основу принимает запись в генотипическом отчете; например, применительно к интерпретации по Стэнфорду («чувствительный», «возможна низкая устойчивость», «низкая устойчивость», «промежуточная устойчивость» и «высокая устойчивость») вводятся соответственно коэффициенты 0, 0,25, 0,5, 0,75 и 1 для каждого препарата. Сумма баллов рассчитанного таким образом wGSS для обеспечения успеха схемы в целом также должна быть не менее двух.

Более сложный, но при этом и более приближенный к реальности способ подсчетов основывается на применении таблицы баллов (drug penalty score). Эта таблица, находящаяся на страницах Стэнфордской базы данных, присваивает каждой из мутаций баллы в зависимости от вероятности их ассоциации с резистентностью ВИЧ, а также учитывает и другие сведения, например, кратность снижения чувствительности вируса к препарату при наличии мутации (еще раз подчеркнем, что баллы в таблице и степень устойчивости пропорционально между собой не связаны!).

Метод подсчета непрерывного показателя генотипической чувствительности (continuous genotypic susceptibility score, cGSS) учитывает, таким образом, возможность частичного снижения чувствительности. Для этого мутациям, имеющим менее 10 баллов по Стэнфорду, присваивают 1 балл cGSS, мутациям с 60 и более баллами дают 0 баллов cGSS, а все прочие получают баллы в промежутке от 0 до 1, причем число их определяется сугубо экспертным мнением. Сумма баллов всех мутаций к препаратам предлагаемой схемы дает показатель cGSS.

Результат такого расчета - непрерывный ряд чисел; пример приведен на рисунке.

Читатель уже обратил внимание на то, что расчет столь важного для практики показателя пока еще представляет собой не очень простую процедуру, по крайней мере на первый взгляд. Следует надеяться, что в ближайшее время появятся специальные on-line инструменты, которые будут с легкостью выполнять это задание, и читателю можно лишь посоветовать не упустить из виду это полезное приспособление.

 
Посмотреть оригинал
< Пред   СОДЕРЖАНИЕ   ОРИГИНАЛ   След >