Анализ отчета о тропизме ВИЧ

Для анализа тропизма ВИЧ на основе его генотипа чаще всегоприме- няют инструмент, доступный on-line и находящийся на известном читателю сайте geno2pheno в подразделе geno2pheno coreceptor. Для того, чтобы анализировать генотип ВИЧ на предмет тропизма, необходимо иметь в распоряжении последовательность /3-петли вируса (или часть генома, включающую эту область) в виде файла с расширением fasta либо в любом текстовом формате; получить ее можно в лаборатории, где производилось секвенирование.

На странице ввода данных эту последовательность можно ввести в любом из указанных форматов (поле 4). Кроме того, можно добавить дополнительные данные - вирусную нагрузку, число CD4 и CD8 клеток и т.д. (поле 5), что в принципе способно повысить надежность получаемых результатов, поэтому пренебрегать этой возможностью не следует.

В верхней части страницы находится окно ввода данных о пациенте и анализе (поле 1, «identifier»); это необязательное поле, хотя для получения отчета желательно ввести эту информацию во избежание последующей путаницы. В поле 2 можно сделать выбор между обычным секвенирова- нием и анализом последовательности методами нового поколения; в рутинной практике «original geno2pheno» выставляют по умолчанию.

Наконец, на этой странице необходимо выбрать cut-off для FPR (уровень допустимости ложноположительных результатов (см. предыдущую главу) (поле 3, significance level). Для этого можно воспользоваться одной из

международных рекомендаций (они открываются в списке) и установить фиксированноезначениеРРЩнапри- мер, 10% в соответствии с рекомендациями European Consensus Group on clinical management of tropism testing) либо выбрать одно или несколько значений произвольно в зависимости от клинической ситуации. В соответствии с теми же рекомендациями, следует повторять исследование трижды; если тест проводится только один раз, а ВН достаточно низкая (до 1000 копий РНК/мл), FPR повышают до 20%, чтобы искусственно повысить чувствительность и не пропустить Х4- варианты вируса.

В поле 6 открывается список выбора, включающий варианты - «reset form» (отменить все), «load a sample sequence» (ввести образец последовательности) и «switch to vertical layout» (переключиться к вертикальному виду, для пользователей компьютеров с маленьким дисплеем). Для определения тропизма

ВИЧ необходимо отправить введенную последовательность на анализ путем выбора опции «align&predict» и нажатия кнопки «до». В ходе анализа машинный алгоритм извлечет последовательность /3-петли из введенной последовательности и произведет ее сравнение с референс- вариантом (этот процесс называется «выравниванием» от alignment). На открывающейся странице будет получен результат анализа тропизма ВИЧ на основе рассчитанного FPR образца.

Страница разделена на четыре части. Первая из них (general information) содержит всю информацию о пациенте и анализе, которая была введена на первой странице. Вторая (additional clinical parameters) воспроизводит дополнительные данные, если они были введены. В третьей части (aligned V3 region) можно видеть результат выравнивания последовательности /3-петли по отношению к референс-штамму FIXB2. Н!аконец,

ответ на центральный вопрос находится в четвертой части (predicted phenotype) в виде таблицы. Левый столбец содержит информацию о модели, которая была использована для прогнозирования тропизма; она может быть обозначена как clonal (стандартный вариант) либо clinical (на основе данных от наивных пациентов). В среднем столбце указан собственно результат анализа тропизма, основанный на расчете показателя FPR для испытуемого вируса и сравнении его с заданным cutoff. Если этот расчетный показатель (FPR) меньше или равен установленному на первой странице в поле 3 cut-off, вирус считается неспособным использовать CXCR4-KopepenTop, то есть является RS-тропным; ячейка таблицы в этом случае будет окрашена в зеленый цвет. Если расчетный показатель превышает cut-off, алгоритм признает вирус Х4-тропным и окрасит ячейку в красный цвет. Дополнительные комментарии могут содержаться в крайнем правом столбце (например, результат анализа с применением правила 11/25).

Если полученные значения FPR значительно отличаются от заданного критического уровня (например, 10%), трактовка результатов обычно не вызывает затруднений; например, если FPR равен 0,1%, то это означает, что вероятность ошибки очень мала, и вирус на самом деле имеет Х4-тропность. Показатель FPR, равный 83%, говорит о том, что тут, скорее всего, ошибка, и однозначно позволяет считать вирус R5-TponHbiM.

Уровень допустимости ложноположительных результатов можно задавать произвольно (поле 3, от 1% до 20%); в зависимости от опыта лечения пациента и возможностей в подборе новой схемы иногда даже рекомендуется сравнить ответы при нескольких заданных уровнях, чтобы принять наиболее обоснованное решение о назначении или неназначе- нии антагонистов корецепторов.

Отчет об исследовании тропизма можно получить в формате pdf, если выбрать соответствующую опцию в верхнем ряду.

 
Посмотреть оригинал
< Пред   СОДЕРЖАНИЕ   ОРИГИНАЛ   След >