Анализ отчетов о виртуальном фенотипе

Этот вариант анализа, как известно читателю, совмещает в себе элементы гено- и фенотипирования (см, предыдущую главу), поэтому отчет тоже содержит информацию «двойного характера». Первая страница отчета, полученного в тест-системе vircoType, очень напоминает фенотипический отчет и включает в себя данные о cut-off, FC и интерпретацию результатов в словесной форме. Все эти показатели, как помнит читатель, рассчитаны на основании сравнения генотипа вируса со множеством других генотипов ВИЧ с известными параметрами фенотипирования (FC). На этой же странице перечислены мутации к каждому классу препаратов, выявленные в геноме анализированного вируса.

Трехцветная шкала, на основании которой сделаны выводы о чувствительности вируса к препаратам, расположена на второй странице. В зеленой зоне находятся чувствительные вирусы, красная соответствует устойчивым вариантам, а между ними находится зона частичной утраты чувствительности. Верхний и нижний пределы (СС01 и СС02, соответствующие 20% и 80% снижения чувствительности) обозначены вертикальными линиями на цветных брусках, расположенных напротив названий препаратов.

После проведения анализа генотипа ВИЧ его последовательность вводится в машинный алгоритм для расчета «виртуального FC», после чего этот результат накладывается на соответствующую шкалу. Положение исследованного вируса по отношению к СС01 и СС02 отмечено квадратиком (?) непосредственно на шкале каждого из препаратов. Здесь же, в правых столбцах, повторяется цифровая информация об FC анализированного вируса по отношению к каждому их лекарств. В средней части страницы находится перечень всех мутаций, выявленных в составе генома вируса.

Если обнаруживается смесь вирусов, оценку чувствительности популяции производят на основании того генетического варианта вируса, у которого уровень устойчивости выше. Если отсутствуют данные о ССО,

шкалу строят на основании данных о ВСО.

Результат определения подтипа ВИЧ приводится в верхней части второй страницы; он базируется на зеркальном использовании базы данных Stanford и по этой причине не предназначен для определения подтиповой принадлежности вируса, потому что часто дает ошибочные результаты; для этой цели рекомендуется использовать специализированные сайты.

Отличием vircoType от TruGene и Viroseq является информация о последовательности генома ВИЧ, которая находится в нижней части третьей страницы; это очень удобно и облегчает задачу врача, желающего заняться дополнительным анализом вируса после получения ответа из лаборатории. Вариантов ответов, содержащихся в отчете на первой странице, существует три: maximal response (чувствительный вирус, FC < СС01), reduced response (сниженная чувствительность, СС01 < FC < СС02) и minimal response (устойчивый вирус, FC > СС02).В аналогичной форме дают ответ и обычные генотипические тесты, однако дополнительные данные в виде FC привносят возможность выбора между препаратами на основе сравнения этого показателя, так же как это делают данные фено- типирования. К сожалению, так же как фенотипические тесты, виртуальный фенотип не в состоянии выявить мутации к новым препаратам или необычные мутации устойчивости ВИЧ.

Ответ «maximal response» всегда предполагает возможность дальнейшего использования препарата; ответ «minimal response» свидетельствует о его полной неэффективности. Что касается ответа «reduced response», то решение, как и в случае феноти- пирования, остается за врачом и зависит от многих обстоятельств, включая, прежде всего, степень снижения чувствительности вируса, а также наличие альтернативы, токсичность препаратов и т.д.

Тест vircoType выпускает компания Janssen Diagnostics BVBA (Virco), она же на своей базе выполняет сам анализ; некоторые компании тоже выполняют этот тест по лицензии.

 
Посмотреть оригинал
< Пред   СОДЕРЖАНИЕ   ОРИГИНАЛ   След >