Расхождения результатов между генотипическими алгоритмами интерпретации

Так же как и мнения экспертов, результаты интерпретации, полученные с помощью разных биоинформационных алгоритмов, использующих разные правила, могут расходиться между собой. Проводя сравнения между алгоритмами, следует иметь в виду, что градация ответов, которые они выдают, тоже не совпадает: большинство использует три варианта ответов - «чувствительный» (susceptible, S), «устойчивый» (resistant, R) и «промежуточный» (intermediate, I), однако некоторые вводят дополнительные уровни. Это создает определенные сложности и требует проведения нормализации результатов при сравнении.

Тем не менее, расхождения все равно остаются. В одном из исследований, специально посвященных этому вопросу и включавшем более 2000 результатов генотипирования, анализированных с помощью четырех широко используемых алгоритмов (ANRS, HlVdb, Rega Institute и TruGene), оказалось, что 4,4% полностью не совпадают (то есть, по крайней мере один алгоритм дает результат S, а другой R), 29,2% не совпадают частично (то есть по крайней мере один алгоритм интерпретирует результат как S или I, в то время как по крайней мере один из остальных расценивает его как I или R, соответственно), и только 66,4% результатов были полностью конкордантны.

Дискордантные результаты, касающиеся интерпретации устойчивости к НИОТ, обычно бывают связаны с наличием нескольких простых, часто встречающихся сочетаний мутаций. Более сложные сочетания мутаций приводят к расхождениям в интерпретации резистентности к ИП. Реже других встречаются дискордантные результаты при анализе устойчивости к ННИОТ, при этом они ассоциированы с некоторыми редкими мутациями.

Ничего странного и неожиданного в этом феномене нет. Сведения о мутациях и их связи с клиническими проявлениями все еще недостаточны, а математические правила, лежащие в основе разных алгоритмов, различаются. В большой степени это определяется тем, какие именно сведения принимаются в расчет при оценке «успеха/неупеха» терапии в момент обнаружения мутации, Например, ANRS связывает генотип прежде всего с вирусологическим ответом, тогда как HlVdb в основу своих правил, наряду с данными о вирусной нагрузке, закладывает информацию о фенотипе и характере лечения пациентов. Системы интерпретации, основанные на применении так называемых логических значений (Boolean expressions), например, ANRS и Rega Institute, опираются прежде всего на типичные сочетания мутаций, в то время как система подсчета баллов, принятая в HlVdb, учитывает все возможные сочетания в равной степени, в результате чего она, как правило, дает более пессимистические прогнозы.

Простым и разумным выходом из этой ситуации представляется одновременное использование нескольких систем. Заметим, что некоторые системы добровольно объединились на сайтах, где исследователь может синхронно получить ответ от нескольких из них, например, программа HlValg на сайте Стэнфордского университета выдает объединенный ответ HlVdb, ANRS и REGA(http://sierra2. stanford.edu/sierra/servlet/JSierra7act ion=algSequencelnput). Именно в таких ситуациях проявляется искусство врачей, которые творчески подходят к решению вопроса об интерпретации генотипа ВИЧ и назначении нового курса терапии. Сравнение полученных ответов помогает им укрепиться во мнении или дает толчок к поиску новых решений.

 
Посмотреть оригинал
< Пред   СОДЕРЖАНИЕ   ОРИГИНАЛ   След >