Виртуальный фенотип

Этому термину в нашей стране не очень повезло - употребляется он широко, но по большей части неправильно. Слово используют и как синоним «результата интерпретации генотипирования», и для обозначения результата подсчета суммы баллов мутаций (об этом речь впереди), и даже ошибочно употребляют его наравне с «фенотипированием». В действительности смысл его достаточно узок: виртуальный фенотип - это вариант генотипического теста, который выпускает единственная компания в мире - Janssen Diagnostics BVBA

(Virco), Бельгия и который использует для интерпретации свою, специально созданную базу данных, в которой все результаты - парные. Означает это следующее: в такую базу включают только те результаты генотипирова- ния, которые подкрепляются результатами фенотипирования (то есть данными о кратности снижения чувствительности, FC) в том же образце вируса. На данный момент в базе содержится около 20000 парных результатов, и она продолжает расти.

Иными словами, отличие специализированной базы данных vircoType от, например, широко известной базы данных Stanford состоит в следующем: Stanford связывает между собой два условных показателя - неэффективность терапии (то есть вирусную нагрузку) и мутации в геноме, тогда как vircoType в дополнение к этому привязывает третий параметр - фенотип (то есть FC).

В ходе анализа генотипа с помощью тест-системы, которая называется virco®TYPE, машинный алгоритм производит в базе данных поиск последовательностей, в которых наблюдается максимум совпадений с изучаемой в позициях, связанных с устойчивостью к лекарствам. При этом совпадение может быть не 100%-ным, однако обязательно будет учитывать все известные мутации, ассоциированные с устойчивостью, как первичные, так и вторичные. Число найденных последовательностей с таким же, как у анализируемой, набором мутаций обычно колеблется от 10 до нескольких сотен. После этого в базе данных производится поиск соответствующих отобранным генотипам фенотипов. и на основании их сопоставления и усреднения делается вывод о степени снижения чувствительности изучаемого вируса (в виде FC для каждого из препаратов). Полученный расчетный результат «виртуального FC» помещают на шкалу cut-off, оценивают его положение по отношению к СС01 и СС02 и делают вывод

о возможности дальнейшего применения препарата. Таким образом, отчет, который выдает машина, содержит не просто данные о мутациях в генотипе, но и достаточно обоснованный вывод о характере и степени изменений фенотипа вируса, связанных с наличием этих мутаций.

Отчет «виртуального фенотипи- рования» содержит информацию об обнаруженных мутациях, результаты прогноза чувствительности к лекарствам и данные о числе совпадений, на котором основываются полученные результаты (более подробно см. в следующей главе). Если число совпадений невелико (то есть не соответствует некоторому заданному критерию для каждого препарата), вместо виртуального фенотипирова- ния машинный алгоритм произведет обычную оценку генотипа с применением стандартных алгоритмов (например, Stanford).

Так же как и стандартный генотипический тест, виртуальное фенотипи- рование требует вирусной нагрузки не менее 1000 копий РНК/мл, выполнение теста занимает 3-7 дней. Поскольку этот тест - генотипический, он обладает всеми достоинствами этой категории анализов, то есть относительно недорог и относительно быстро выполняется. К этому добавляется присущая фенотипированию простота интерпретации результатов и способность учитывать взаимодействие мутаций, что, конечно, выгодно отличает его от других генотипических тестов.

Сведений о надежности результатов, получаемых с помощью виртуального фенотипирования, пока недостаточно, и между ними есть расхождения. По одним данным, vircoTYPE дает результаты, почти полностью совпадающие с результатами обычного фенотипирования; по другим данным,

разница все же есть. Лучшая корреляция между данными виртуального и обычного фенотипирования наблюдается для ННИОТ и ИП, для НИОТ она существенно ниже и объясняется, по всей вероятности, все теми же проблемами неполноты базы данных. Теоретически, по мере ее наполнения все новыми генотип-фенотипами надежность этого вида анализа будет возрастать.

 
Посмотреть оригинал
< Пред   СОДЕРЖАНИЕ   ОРИГИНАЛ   След >