Дискордантные результаты гено- и фенотипирования

Событие это не такое уж редкое - например, среди парных результатов генотипирование-фенотипирование, хранящихся в базе данных компании ViroLogic, 67% расходятся по одной позиции (одному препарату), 45% - по двум позициям и 30% - по трем (заметим, что в сравнительных исследованиях такого рода обычно принимают участие несколько десятков препаратов). Причины таких расхождений многообразны и связаны с несовершенствами обоих тестов.

Так, одной из причин может стать неполнота сведений о мутациях, имеющихся в широко используемых базах данных; не все еще мутации описаны,

и появления новых или атипичных мутаций никогда нельзя исключить, об этой проблеме в этой книге уже не раз говорилось. В результате ответ, полученный путем фенотипирования, будет положительным (то есть устойчивость будет обнаружена), а генотип резистентности не выявит. Очевидно, что в таких обстоятельствах более точными будут данные фенотипирования, и выбор следует сделать в его пользу.

Непростая ситуация может возникнуть в случае присутствия у пациента смеси «дикого» и устойчивого вирусов, особенно когда доля устойчивого виру

са невелика. Иногда генотипический тест может выявить мутации, даже если они составляют менее 15-20%, при этом ответ менее чувствительного фенотипирования будет отрицательным. Решение зависит от результата генотипирования: если наличие смеси подтверждается (то есть на электро- фореграмме видны смешанные пики), более надежным считается его результат, и образец вируса признают резистентным. Если популяция вируса однородна, то предпочтение отдают данным фенотипирования.

То же соотношение результатов получится и тогда, когда формирование резистентности находится в самом начале (evolving resistance), при этом генотипический анализ уже способен обнаружить мутации, однако фенотипически они еще не проявились.

Определенные сложности интерпретации результатов возникают и в случаях перекрестной устойчивости, когда одни и те же мутации вызывают устойчивость к разным препаратам, имеющим разные, зачастую перекрывающиеся ССО.

Наконец, положительный результат фенотипирования часто противоречит данным генотипирования, если наблюдается феномен взаимодействия мутаций и гиперчувствительность (в этом последнем случае, как понимает читатель, результат фенотипирования покажет FC меньше единицы). Классический пример - реверсия к чувствительному фенотипу по отношению к ZDV, TDF и d4T у мутантов, имеющих замену M184V в сочетании с TAMs.

 
Посмотреть оригинал
< Пред   СОДЕРЖАНИЕ   ОРИГИНАЛ   След >