ГЛАВА. Основные понятия и концепции резистентности

Номенклатура мутаций резистености ВИЧ

О природе мутаций читатель уже много знает, прочитав раздел об эволюции ВИЧ. Следует иметь в виду, что, когда говорят о мутациях лекарственной устойчивости, в абсолютном большинстве случаев речь идет о точечных заменах - более заметные изменения генома вируса, например, делеции, скорее всего, существенно повлияли бы на его жизнеспособность и не могли закрепиться в потомстве.

Различают два вида замен: тран- зиции (transition), меняющие пурин на пурин (А G) либо пиримидин на другой пиримидин (С <-> Т), и трансверсии (transversion), приводящие к замене пурина на пиримидин (А С или А <-> Т) и наоборот. Примерно 2/3 всех замен составляют транзиции; считается, что трансверсии по сравнению с транзициями вызывают более существенные (а значит, менее желательные) изменения структуры РНК и, соответственно, кодируемых ею белков.

Каждый нуклеотид в геноме имеет свой номер, так же как и аминокислота в белковой молекуле. Каждую аминокислоту кодирует тройка нуклеотидов (кодон), вот почему аминокислотный код белка всегда втрое короче нуклеотидного. Точкой отсчета служит первая аминокислота в каждом белке; например, в составе протеазы ВИЧ это Р (пролин), а у белка др41 - А (аланин).

Т

с

A

G

т

ттт

F

тст

S

TAT

Y

TGT

C

T

ттс

F

тсс

S

TAC

Y

TGC

C

c

ТТА

L

ТСА

S

TAA

Stop

TGA

Stop

A

TTG

L

TCG

S

TAG

Stop

TGG

W

G

с

СТТ

L

ССТ

P

CAT

H

CGT

R

T

СТС

L

ссс

P

CAC

H

CGC

R

c

СТА

L

ССА

P

CAA

Q

CGA

R

A

CTG

L

CCG

P

CAG

Q

CGG

R

G

А

ATT

I

ACT

T

AAT

N

AGT

S

T

АТС

I

ACC

T

AAC

N

AGC

S

c

АТА

I

АСА

T

AAA

К

AGA

R

A

ATG

М

ACG

T

AAG

К

AGG

R

G

G

GTT

V

GCT

A

GAT

D

GGT

G

T

GTC

V

GCC

A

GAC

D

GGC

G

c

GTA

V

GCA

A

GAA

E

GGA

G

A

GTG

V

GCG

A

GAG

E

GGG

G

G

Аббревиатура

однобуквенного

кода

Аббревиатура

трехбуквенного

кода

Аминокислота

А

Ala

аланин

С

Cys

цистеин

D

Asp

аспарагиновая кислота

Е

Glu

глутаминовая кислота

F

Phe

фенилаланин

G

Gly

глицин

Н

His

гистидин

I

lie

изолейцин

К

Lys

лизин

L

Leu

дейцин

М

Met

метионин

N

Asn

аспарагин

Р

Pro

пролин

Q

Gin

глутамин

R

Arg

аргинин

S

Ser

серин

Т

Thr

треонин

V

Val

валин

W

Trp

триптофан

Y

Tyr

тирозин

Z

Gin

глутамин

Номенклатура мутаций резистентности ВИЧ основана на аминокислотном коде. Этот код можно записать двояко - в виде трех букв или одной буквой (таблицы кодонов, соответствующих аминокислотам, а также их аббревиатуры приводятся выше). Однобуквенный код удобнее в использовании, поэтому генетики чаще всего пользуются именно этим кодом.

Формат обозначения мутаций прост: первая буква в записи обозначает аминокислоту, стоящую в определенном положении в аминокислотной цепочке «дикого» (чувствительного) вируса, идущее следом за ней число соответствует номеру аминокислоты, последняя буква - аминокислота в составе мутантного варианта ВИЧ. Например, запись K103N означает, что в составе обратной транскриптазы вируса в положении 103 вместо «дикого» лизина появился аспарагин. Эта широко известная мутация сообщает ВИЧ устойчивость ко многим препаратам из группы ННИОТ.

Иногда первую букву записи «опускают», и тогда обозначение сокращается, например, мутация M184V (замена метионина на валин, придающая устойчивость к ламивудину) превращается в 184V. Случается, что у пациента обнаруживается смесь вирусов, имеющих разные мутации в одном и том же положении, например, в положении 184 может присутствовать

изолейцин либо валин; тогда запись будет содержать информацию об обеих мутациях в виде M184I/V. Запись M184M/V означает, что у пациента параллельно циркулируют вирусы «дикого» (М) и мутантного (V) вариантов; по-другому такую смесь иногда обозначают 184M/V или 184wt/V.

Случаи вставки аминокислот нечасты; примером может служить T69SSX - эта запись означает, что в дополнение к мутации T69S произошла вставка (инсерция) двух аминокислот (SS, SG или SA) между 69-м и 70-м положениями, результатом чего стала полирезистентность к НИОТ.

 
Посмотреть оригинал
< Пред   СОДЕРЖАНИЕ   ОРИГИНАЛ   След >