Понятие о полиморфизме ВИЧ, квазивиды

Термин «полиморфизм» будет далее многократно встречаться на страницах этой книжки в разных, хотя и близких значениях. В буквальном переводе это слово означает «разнообразие» и применительно к ВИЧ обычно применяется, когда необходимо подчеркнуть его генетическую неоднородность. Проявляться она может как на уровне индивидуума, так и на уровне популяции инфицированных людей; нередко этим термином пользуются, желая обозначить естественные различия между вариантами ВИЧ в отдельных позициях генома. Дополнительно этот вопрос будет рассматриваться в VI и VII главах.

Как уже уяснил себе читатель, даже в пределах одного инфицированного организма популяция ВИЧ оказывается неоднородной. Результатом значительной скорости репликации вируса и повышенной частоты мутаций становится накопление множества близких вариантов вируса, называемых квазивидами, вот почему ВИЧ называют вирусом, имеющим квазивидо- вую (псевдовидовую) природу.

Это означает, например, что в действительности геном так называемого «дикого типа» ВИЧ-1 (чаще всего так называют вирус, чувствительный ко всем препаратам) не может быть полностью охарактеризован единственной нуклеотидной последовательностью, также как и геном любого лекарственно-устойчивого мутанта, потому что каждый из них в реальности существует в виде динамического «облака» квазивида. Считается, что в пределах квазивида обычно доминирует самый жизнеспособный вариант, геном которого обозначается как master sequence, все прочие варианты численно представлены в зависимости от своих фитнес-свойств (см. Ill главу).

Говоря о вирусе «дикого типа», обычно имеют в виду некий «средний» вариант, в условном геноме которого каждую из нуклеотидных позиций представляет та, что встречается чаще других во всем множестве квазивидов (консенсус). Некоторые из вариантов размножаются быстрее, другие - медленнее, поэтому в популяции квазивиды присутствуют не в равных пропорциях. Те из них, которые составляют меньшинство, принято называть «минорными» (их общая доля обычно менее 20%).

Квазивидовые варианты могут различаться по своим биологическим свойствам, например, обладать различными тропизмом (сродством к клеткам- мишеням), цитопатогенным и антигенным характеристиками, неодинаковой скоростью размножения. По мере приобретения мутаций квазивиды могут адаптироваться к заражению новых клеток и тканей. Считается, что все без исключения варианты ВИЧ, образующиеся в ходе развития инфекции, включая минорные, сохраняются в провирусной ДНК латентно инфицированных клеток (архивируются).

 
Посмотреть оригинал
< Пред   СОДЕРЖАНИЕ   ОРИГИНАЛ   След >